¿Se puede hacer una reserva para pasajeros que tengan varias direcciones de destino y que el vehículo vaya haciendo varias paradas?

Sí, se puede. Para hacerlo, debe añadir horas adicionales en su reserva para que el conductor pueda hacer paradas por las diferentes direcciones de destino. 

Si no hay opción a poner horas adicionales en su reserva, puede hacer reservas separadas para cada destino.